按科技專案經費運用,事涉科技專案執行成效,應依照有關法令、雙方簽訂之科專補助契約等規定運用之,例如「經濟部推動研究機構進行產業創新及研究發展補助辦法」第21條規定:「執行單位執行科技專案,其經費收支應依約設專戶儲存並單獨設帳管理,定期編製經費支用報表送本部或所屬機關審核。科技專案經費包括人事費、業務費、旅運費、維護費、材料費、設備使用費、設備費、管理費及其他項目。前項規定各項目之費用,執行單位應以實際發生數檢據核銷;如有節餘經費,應繳交國庫。但其他項目中得包含績效獎勵,以領據方式核銷。」因此,科專管理費之運用,有上開規定之適用,除雙方契約已有特別規定,否則各項經費應專款專用,應不得作為各款項以外用途。